ΕΚΚΛΗΣΙΑΣΤΙΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ ΜΟΝΗΣ ΑΓΙΟΥ ΙΩΑΝΝΟΥ ΘΕΟΛΟΓΟΥ ΤΗΣ ΠΑΤΜΟΥ

Το Εκκλησιαστικό Μουσείο της Πάτμου βρίσκεται εντός της Μονής του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου.
Περιλαμβάνει φορητές εικόνες, χρυσοκέντητα άμφια, εικονογραφημένα χειρόγραφα, αργυρά σκεύη και λειτουργικά αντικείμενα που χρησιμοποιούνται στη λατρεία και χειρόγραφα. Ενδεικτικά περιγράφονται ορισμένα από τα αντικείμενα που βρίσκονται σε αυτό το Μουσείο.

Ο Αγιος Νικόλαος. 11ος αιώνας.
Πρόκειται για μία ψηφιδωτή εικόνα, στην οποία παριστάνεται το όνειρο του Αγίου Νικολάου, το οποίο είδε όταν φυλακίστηκε κατόπιν διαταγής του Μεγάλου Κωνσταντίνου για το ράπισμα του στον αιρετικό Άρειο. Ο Άγιος Νικόλαος παριστάνεται ολόσωμος να ευλογεί με το δεξί, ενώ στο αριστερό - φθαρμένο - θα κρατούσε βιβλίο. Δίπλα του σε μικρογραφία, ο Χριστός του προσφέρει το Ευαγγέλιο και η Παναγία το ωμοφόριο. Την παράσταση σχηματίζουν μικρότατες ψηφίδες σε άνισο μέγεθος και σε πολλά χρώματα. Το κεφάλι έχει συντεθεί με τις μικρότερες ψηφίδες, στρωμένες με μεγαλύτερη επιμέλεια και με λιγότερες αποστάσεις μεταξύ τους. Η εικόνα χρονολογείται συνήθως στον 11ο αιώνα, αλλά έχει τοποθετηθεί και στον 12ο.

Δύο Παναγιάρια
Τα Παναγιάρια χρησίμευαν και χρησιμεύουν για να φυλάσσεται η μερίδα της Παναγίας από τον άρτο του Μελισμού· τα χρησιμοποιούσαν και στην τελετή της Υψώσεως της Παναγίας που γινόταν στην τράπεζα των κοινοβιακών μοναστηριών. Τότε εκφωνούνται και οι ύμνοι που είναι γραμμένοι επάνω στα δύο παναγιάρια. Στο πρώτο παναγιάριο απεικονίζεται στη μία πλευρά η Παναγία μεταξύ δύο σεβιζόντων αγγέλων και στην άλλη η Φιλοξενία του Αβραάμ. Στο δεύτερο παναγιάριο απεικονίζεται η Παναγία Βλαχερνίτισσα και ο Χριστός Μέγας Αρχιερεύς. Τα δύο παναγιάρια συνδέονται με τον ίδιο τόπο καταγωγής, το εργαστήρι του Νικολάου Ρίτζου.

Επιγονάτιο με παράσταση Νιπτήρα
Το επιγονάτιο κρέμεται από ζώνη και φτάνει ως το γόνατο. Ως το 12ο αιώνα αποτελούσε αποκλειστικό άμφιο του επισκόπου. Αργότερα επεκτείνεται και στους άλλους αξιωματούχους κληρικούς.
Το επιγονάτιο με την παράσταση του Νιπτήρα ανήκει στο μητροπολίτη Μύρων Ιάκωβο.

Το ιδρυτικό χρυσόβουλλο Αλεξίου Α' του Κομνηνού
Το αρχείο των βυζαντινών εγγράφων της Πάτμου άρχισε να συγκροτείται αμέσως μετά την ίδρυση της Μονής στα 1088. Τον πρώτο πυρήνα του αποτέλεσαν τα ιδρυτικά χρυσόβουλλα και τα συνοδευτικά τους έγγραφα, όπως πρακτικά παραδόσεως της νήσου Πάτμου στον Όσιο Χριστόδουλο, καθώς και άλλα έγγραφα αναφερόμενα στη νεοσύστατη Μονή και τις κτήσεις της. Τα αυτοκρατορικά έγγραφα του αρχείου της Πάτμου συγκροτούν μια πλούσια και ενδιαφέρουσα συλλογή. Πολλά απ' αυτά είναι χρυσόβουλλα, έγγραφα εντυπωσιακά: είναι σε περγαμηνή ή σε χαρτί, έχουν φροντισμένη γραφή, διακοσμητικά γράμματα στην αρχή, και στο τέλος την ιδιόχειρη μεγάλη υπογραφή του αυτοκράτορα, γραμμένη με κόκκινο μελάνι. Αποτελούν κυλίνδρους μήκους δύο ή τριών μέτρων, και είχαν κρεμασμένη στο κάτω μέρος τη χρυσή βούλλα του αυτοκράτορα. Ήταν τα επισημότερα έγγραφα των βυζαντινών αυτοκρατόρων. Το ιδρυτικό χρυσόβουλλο, με το οποίο ο Αλέξιος Α' Κομνηνός παραχωρούσε το 1088 στον Χριστόδουλο τη νήσο Πάτμο, αποτελεί ταυτόχρονα τον εκτενέστερο σωζόμενο κατάλογο φορολογικών απαλλαγών - δείγμα της εκτίμησης του αυτοκράτορα προς το Χριστόδουλο και της σημασίας που απέδιδε στην ίδρυση της Μονής Πάτμου.

Εικόνα με τον Ενταφιασμό του Οσίου Χριστοδούλου (αρχές 17ου αιώνα)
Μπροστά σε βράχο με σπηλιά, δύο μοναχοί ανασκουμπωμένοι κρατούν το λείψανο του Οσίου Χριστοδούλου και το κατεβάζουν στο λάκκο - που είναι δυσδιάκριτος. Η εικόνα έχει ζωγραφιστεί για να μπαίνει στο προσκυνητάρι του καθολικού της Μονής την εορτή της ανακομιδής του λειψάνου από την Εύβοια στην Πάτμο, στις 21 Οκτωβρίου. Ο αποκλειστικός αυτός σκοπός ορίζει και τη σπανιότητα του θέματος.