Παναγία Θεοτόκος η Πηγαδιώτισσα 

Αποτελεί την πλουσιότερη εκκλησία του νησιού με ωραίες εικόνες και διάκοσμο στο εσωτερικό της διότι είναι η Ορθόδοξη Μητρόπολη. Είναι δίπλα στην Καθολική εκκλησία.

Αγία Ελένη του Κάστρου
Μεγάλη δίκλιτη καμαροσκέπαστη βασιλική με ωραίο ξυλόγλυπτο τέμπλο και βυζαντινές εικόνες του 17ου / 18ου αιώνα και που μέχρι το 1878 ήταν η Μητρόπολη της Μυκόνου.
Δίπλα στην Αγία Ελένη είναι το εκκλησάκι του Αγίου Δημητρίου που για πολλούς είναι η παλαιότερη εκκλησία του Κάστρου.

Αγία Σωτήρα
Το μικρό εκκλησάκι δίπλα στη θάλασσα που έχει στο δάπεδο του τον τάφο του τελευταίου πειρατή του Μανόλη Μερμελέχα που πέθανε το 1854.

Άγιος Γιάννης του Βάθους
Και αυτή η εκκλησία δίπλα στη θάλασσα έχει δύο πανέμορφες εικόνες του 1668 του Μιχαήλ Ραφιού.