Άγιος Παντελεήμων

Το τρίτο κατά σειρά σημασίας μοναστήρι του νησιού, ο Άγιος Παντελεήμων στο Μαράθι είναι ένα εξαιρετικό δείγμα μοναστηριού-οχυρού και αποτελεί ένα κτίσμα τετραγώνου σχήματος. Ιδρύθηκε από τους αδελφούς μοναχούς Καμπουράκη και Γεράσιμο το 1665.
Το 1820 προστέθηκε το πλακόστρωτο δάπεδο και τοιχογραφήθηκε από τον Μιχάλη Καγιάννη.
Μία επιγραφή πάνω από την θύρα αναφέρει ότι αυτό έγινε "δια ψυχικήν του σωτηρίαν".
Το μοναστήρι έχει ωραιότατες εικόνες στο ξυλόγλυπτο τέμπλο όπου προβάλλει ο Εσταυρωμένος, έργο του ντόπιου ζωγράφου Χριστόδουλου Καλλέργη.
Έχει επίσης ωραιότατες τοιχογραφίες με προφήτες, αγγέλους και αγίους στους τοίχους του ιερού.

Άγιος Νικόλαος του Γιαλού ή της Καδένας

Στην άκρη της προκυμαίας, απέναντι από το Δημαρχείο βρίσκεται το παλαιό μικρό εκκλησάκι του Αγίου Νικολάου της Καδένας, που επισκευάσθηκε για πρώτη φορά από τον Ρώσο πρόξενο της Μυκόνου κόμη Ιωάννη Βοϊνοβιτς.

Ανακαινίσθηκε και ανακατασκευάστηκε σε νεοκλασική μορφή από το 1908 ως το 1912 οπότε πήρε τη σημερινή μορφή του που φαντάζει γραφικά με τον μπλε τρούλο του.

Άγιος Γεώργιος Αμπελοκήπων

Μονή του 17ου αιώνα που βρίσκεται κάτω από τη μονή της Παναγίας της Τουρλιανής.
Αξιοσημείωτες είναι ακόμα οι εκκλησίες της Αγίας Κυριακής, η Πανάχρα (Πανάχραντος), ο Προφήτης Ηλίας (Ματογιάνι), όπου συστάθηκε το 1615 το Κοινόν των Μυκονίων και το εκκλησάκι της Πρυανής (Παναγίας της Πυργιανής), δίπλα στο οποίο σώζεται σε αρκετό ύψος ένας Βενετικός αμυντικός πύργος, τετράγωνος σε κάτοψη, με τοίχους πάχους 1,50μ.
Δίπλα στον πύργο βρίσκεται μια από τις εισόδους του Κάστρου με τη στενή σκάλα.
Στα χρόνια της Φραγκοκρατίας και των Παλαιολόγων η εκκλησιαστική αρχιτεκτονική στις Κυκλάδες απέκτησε βαθμιαία ένα λαϊκό χαρακτήρα που συνεχίστηκε και αργότερα. Έτσι επεκράτησε η τεχνική της ασβεστοεπίχρισης εξωτερικά. Εκτός αυτού επικράτησε η κατασκευή μικρών ναών με βαριά τοιχοποιία από αργολιθοδομή, με μικρά ανοίγματα και ημικυκλική εξωτερικά αψίδα ιερού.
Τέτοιο παράδειγμα είναι η Παναγία του Κουξή.