ΆΓΙΟΣ ΙΩΑΝΝΗΣ Ο ΠΡΟΔΡΟΜΟΣ (ΝΑΥΚΛΗΡΟΣ) 

Βρίσκεται κοντά στην ακτή Μιαούλη στην πόλη της Κω και βρισκόταν εντός του περιμετρικού τείχους της Μεσαιωνικής πόλης και σε επαφή με αυτό.
Μεταφέρθηκε στη σημερινή του θέση κατά την Ιταλοκρατία προκειμένου να ερευνηθεί ο χώρος των ιερών του λιμανιού και συμπληρώθηκαν μέρη των τοίχων και η καμάρα της οροφής.
Είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός με ημικυλινδρική αψίδα και ορθογώνια είσοδο στα δυτικά, η οποία φέρει μαρμάρινο ανώφλι με τυφλό αψίδωμα και προεξέχον πώρινο ημικυκλικό πλαίσιο. Στην ανωδομή των τοίχων έχει γίνει χρήση πολλών αρχαιότερων μαρμάρινων αρχιτεκτονικών μελών. Στο εσωτερικό του ναού ανοίγονται τυφλά αψιδώματα κατά μήκος της βόρειας και της νότιας πλευράς. Ο ναός χρονολογείται στον 15ο αιώνα. Η διαμόρφωση του Ιερού Βήματος με το χαμηλό μαρμάρινο κιγκλίδωμα οφείλεται στην Ιταλική αναστήλωση. Ο ναός ήταν αρχικά αφιερωμένος στον Αγ. Ιωάννη τον Πρόδρομο και στη συνέχεια αφιερώθηκε σε έναν τοπικό μάρτυρα, τον Αγ. Ιωάννη το Ναύκληρο, ο οποίος μαρτύρησε στην πυρά το 1669. Στον ημικύλινδρο της αψίδας υπήρχαν τοιχογραφίες, ίσως του 15ου αιώνα, που αποτοιχίσθηκαν κατά τη μεταφορά του ναού. Αυτές συντηρήθηκαν και πρόκειται να επανατοποθετηθούν στην αρχική τους θέση.

ΠΑΛΑΙΟΧΡΙΣΤΙΑΝΙΚΗ ΒΑΣΙΛΙΚΗ ΑΓΙΟΥ ΙΩΑΝΝΟΥ ΘΕΟΛΟΓΟΥ

Βρίσκεται κοντά στη βόρεια παραλία του νησιού, στην περιοχή που αναπτύσσεται ο παράλιος παλαιοχριστιανικός οικισμός του Μαστιχαρίου.
Πρόκειται για τρίκλιτη βασιλική με ημικυκλική αψίδα στα ανατολικά και νάρθηκα στα δυτικά. Στη δυτική απόληξη των πλάγιων κλιτών, δύο κλίμακες οδηγούσαν σε γυναικωνίτη, που υπήρχε επάνω από τον νάρθηκα. Το βαπτιστήριο βρίσκεται στο ανατολικό άκρο της βόρειας πλευράς της βασιλικής. Αυτό ήταν εξωτερικά τετράγωνο και εσωτερικά οκτάπλευρο με σταυρόσχημη κολυμβήθρα και ορθογώνιο προθάλαμο. Η εκκλησία σώζει μεγάλο τμήμα των εντυπωσιακών ψηφιδωτών του δαπέδου που συνοδεύονται από αναθηματικές ψηφιδωτές επιγραφές. Αξιοσημείωτη είναι εκείνη του βόρειου κλίτους στην οποία αναγράφεται ότι : ΕΥΣΤΟΧΙΑΝΗ Η ΚΟΣΜΙΟΤΑΤΗ ΝΑΥΚΛΗΡΙΣΣΑ ΚΕ ΜΑΡΙΑ Η ΝΕΟ(Σ) ΑΥΤΗΣ ΕΨΗΦΩΣΑΝ ΤΗΝ ΣΤΟΑΝ.